Am 12. April 2006 hat die Kommission entschieden, das Zulassungsverfahren der EFSA von GVO durch konkrete Verbesserungen zu verändern, damit die „wissenschaftliche Kohärenz und Transparenz der Entscheidungen“ verbessert wird. Die Kommission schlägt der EFSA beispielsweise vor, enger mit den nationalen wissenschaftlichen Einrichtungen zu kooperieren und detailliert zu begründen, weshalb sie wissenschaftliche Einwände nationaler Behörden ablehnt. Des Weiteren behält sich die Kommission das Recht vor, das Zulassungsverfahren zu unterbrechen und zu einer erneuten Überprüfung an die EFSA zurück zu verweisen, wenn sie der Ansicht ist, dass eine Stellungnahme eines Mitgliedstaates „wichtige neue wissenschaftliche Fragen“ aufwirft, welche die EFSA nicht ausreichend berücksichtigt hat.
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