Die Kommission hat am 3. April 2007 eine Mitteilung über die Vertiefung des Patentsystems in Europa vorgelegt. Zweck der Mitteilung ist es, „praktische Schlussfolgerungen” der Anhörung zu ziehen und die Arbeit im Rat zum Gemeinschaftspatent und zu Gerichtsbarkeitsregelungen zu beschleunigen.
Die Kommission ist auch weiterhin der Auffassung, „dass ein wirklich wettbewerbsfähiges und attraktives Gemeinschaftspatent erreicht werden kann, wenn der politische Wille dazu vorhanden ist.“ Die Kommission verspricht, den Bedenken bezüglich einer „übermäßig zentralisierten Gerichtsbarkeit“ Rechnung zu tragen.
Die Kommission schlägt die Errichtung einer integrierten unionsweiten Patentgerichtsbarkeit vor, in die sowohl Elemente des Streitregelungsabkommens EPLA (European Patent Litigation Agreement), das darauf abzielt die Kosten für Streitschlichtungen zu senken, als auch Aspekte des Vorschlags zur Schaffung einer Gemeinschaftsgerichtsbarkeit auf der Grundlage des EG-Vertrags einfließen sollen.
Die Mitgliedstaaten beziehen sehr gegensätzliche Positionen in der Frage der Streitregelungen und die Kommission ist der Auffassung, dass ein integrierter Ansatz, eine Lösung darstellen könnte. „Fortschritte wären durch Überlegungen zur Errichtung eines einheitlichen und speziellen Gemeinschaftspatentgerichts mit Zuständigkeit für Streitigfragen in Bezug auf europäische und künftige Gemeinschaftspatente möglich.“
Das System sieht die Schaffung einer Reihe von Gerichten, die EU-weit die entstehenden Streitigkeiten schlichten würden, vor. Zu deren Aufgaben würden Klagen bezüglich Rechtsverstöße gehören, während Berufungsverfahren vor einem einzelnen Gericht verhandelt würden, zum Beispiel dem gemeinschaftlichen Gericht erster Instanz. Der Europäische Gerichtshof wäre die letzte Instanz im Patentrecht.
