Biokraftstoffe werden als „kohlenstoffneutrale“ Energieträger gewertet, da sie theoretisch nicht mehr CO2 verursachen als sie während des Wachstums aufnehmen. Außerdem könnten Biokraftstoffe zu einer Reduzierung der Luftverschmutzung und der Abfallverursachung beitragen.
Die Kommission führt als Vorteile an, dass die Biokraftstoffe neue Arbeitsplätze schaffen und neue Einkommensquellen für die Landwirtschaft erschließen werden. Außerdem tragen sie dazu bei, die Kyoto-Ziele zu erreichen und erhöhen die Vielfalt des europäischen Energiemixes.
Einige Nichtregierungsorganisationen kritisieren jedoch, dass der Anbau von Biokraftstoffen aus mehreren Gründen schädliche Auswirkungen haben könnte:
- Ackerland, das in ärmeren Ländern eigentlich für den Anbau von Lebensmitteln benötigt wird, könnte künftig für den Anbau von Biokraftstoffen genutzt werden;
- Ein weiteres Argument ist, dass die Herstellung von Biokraftstoffen mehr Energie verbraucht, als im Endeffekt aus ihnen gewonnen werden kann;
- Die „Automobil-Kultur“ der Europäer und die Tatsache, dass sie nicht genug Biokraftstoffe für ihren Eigenbedarf herstellen können, könnte dazu führen, dass natürliche Ökosysteme, wie der Regenwald in Brasilien, durch Soja-Plantagen ersetzt würden;
- Der Aufbau der notwendigen Infrastruktur für diese Plantagen würde weitere Umweltschäden verursachen;
- Die auf den Plantagen eingesetzten Chemikalien könnten negative Auswirkungen auf die menschliche Gesundheit haben;
- Letztendlich ist der Einsatz gentechnisch veränderter Pflanzen bei der Produktion von Biokraftstoffen sehr umstritten.
Die Kommission plant derzeit, die Entwicklung von Biokraftstoffen der „zweiten Generation“ zu fördern (aus lignuzellulosischen Trägern wie Stroh, Holz, Hackschnitzel oder Dung). Es scheint einiges darauf hinzudeuten, dass diese Träger geeigneter sind als die Träger der „ersten Generation“ (Zucker, Rüben und Raps) aufgrund der niedrigeren Kosten, der besseren Treibhausgaswerte und der besseren Eignung als Kraftstoff. Die größere Auswahl an Trägern verringert ebenfalls die Gefährdung der Lebensmittelproduktion (siehe die Anhörung der Kommission zu Biokraftstoffen). Derzeit befindet sich die Technologie für die Biokraftstoffe der „zweiten Generation“ jedoch noch in der Entwicklungsphase.



