In einem Interview mit der Süddeutschen Zeitung äußerte Verheugen, dass über die Jahre die Macht der hohen Beamten so groß geworden sei, dass „manchmal die Kontrolle über den Apparat verloren [geht]“. Er betonte des Weiteren, die Kommissare „müssen höllisch aufpassen, dass wichtige Fragen in ihrer wöchentlichen Sitzung entschieden werden, statt dass dies Beamte unter sich ausmachen“.
Der für Unternehmen und Industrie zuständige Kommissar sagte „unter der Oberfläche“ gäbe es einen „ständigen Machtkampf zwischen Kommissaren und hohen Beamten“. „Meine These ist“, so Verheugen, „dass insgesamt zu viel von Beamten entschieden wird“. Er fügte hinzu, dass er ‚entsetzt’ sei, wenn er manche Schreiben von Beamten an Mitgliedstaaten lese. Diese seien „technisch, arrogant, von oben herab“.
In dem am 5. Oktober 2006 erschienenen Interview wiederholte und verschärfte Verheugen seine Kritik an der inneren Arbeitsweise der Kommission, die er bereits bei einem Interview mit EurActiv im August 2005 geäußert hatte. Damals sagte Verheugen, es sei immer noch ein Problem, die Direktionen davon zu überzeugen, dass ein neuer Geist herrsche und ein neuer Ansatz verfolgt werde und dass die typische Reaktion ‚Ein Vorschlag aus einer anderen GD? Wir sind dagegen. Das ist unser Gebiet.’ nicht mehr erwünscht sei. Verheugen nannte dies den normalen Revierkampf und sagte, seiner Ansicht nach verbringe die Kommission zu viel Zeit mit innerer Koordination.
In dem Gespräch mit der Süddeutschen Zeitung sagte Verheugen, dass die Haltung vieler Beamter sei: „Der Kommissar ist nach fünf Jahren wieder weg, ist also nur ein zeitweiliger Hausbesetzer, ich aber bleibe“. Er fügte hinzu: „Es geht nicht um Zurückgewinnen der politischen Kontrolle, es geht um eine neue politische Kultur in der Institution Kommission.“ Dazu gehöre, dass die ‚Finanzhoheit’ von den Generaldirektoren auf die Kommissare übergehe und die Kommissare das Recht bekämen, hohe Beamte zu ersetzen.
