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Les négociations au Conseil des ministres étant arrivées au point mort, la Commission a annoncé qu'elle autoriserait une pomme de terre génétiquement modifiée à des fins industrielles et pour nourrir le bétail. Les ONG ont critiqué cette décision, soutenant que la fiabilité de la nouvelle culture ne pouvait être garantie.
Pour que des organismes génétiquement modifiés (OGM) puissent être approuvés, il faut qu'un producteur soumette une demande d'autorisation. L'Autorité européenne pour la sécurité des aliments (EFSA) est ensuite mandatée pour conduire une évaluation scientifique et en faire état à la Commission, qui soumet alors sa décision sur la question au Conseil.
Si le Conseil n'obtient pas la majorité en faveur ou à l'encontre d'une autorisation, comme cela a été le cas le 16 juillet 2007, la question est de nouveau soumise à la Commission qui est alors libre d'autoriser l'OGM conformément à une procédure règlementaire spécifique
.
Tant la procédure règlementaire spécifique que le rôle de l'EFSA ont fait l'objet de critiques (EurActiv 05/12/05 et 10/03/06), et la Commission a décidé d'appliquer des changements pratiques au processus d'approbation des OGM de l'EFSA (EurActiv 12/04/06).
L'UE n'a autorisé d'OGM que dans peu d'occasions, et un moratoire de-facto sur l'approbation de nouvelles récoltes OGM a été mis en place en 1998, principalement en réponse à la pression des ONG et aux préoccupations du public concernant les risques potentiels des OGM pour la santé.
La pomme de terre en question est une variété bleue qui est utilisée principalement pour la production industrielle d'amidon. Développée par le géant allemand de la chimie BASF, la pomme de terre est notamment utilisée dans la production de couvertures magazines brillantes.
En avril 2004, BASF a demandé une autorisation pour la pomme de terre, et la Commission a publié une décision favorable en décembre 2006, à la suite d'une évaluation scientifique de l'EFSA indiquant que la culture de la pomme de terre ne posait pas de risques "importants" pour la santé.
En plus de gènes modifiant la composition de l'amidon, la pomme de terre contient également des gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques (ARGM).
Des ONG de défense de l'environnement et des organismes de veille spécialisés dans la santé publique s'inquiètent du fait que les ARMG puissent être transférés des plantes aux bactéries, rendant la bactérie résistante aux antibiotiques et nuisant à l'efficacité des antibiotiques pour certaines infections chez les Hommes.
Une des craintes concerne le fait que si certaines parties des pommes de terre, comme la peau et d'autres parties qui ne contiennent pas amidon, sont également utilisées pour nourrir le bétail (comme le demande BASF), alors les OGM entreraient dans la chaîne alimentaire de façon plus répandue.
BASF souhaite entreprendre une culture commerciale de la pomme de terre en 2008, et est convaincu que le produit ne présente aucun risque pour la santé. L'entreprise a indiqué : "A plusieurs reprises, EFSA a déclaré que [cette pomme de terre] était aussi sûre pour les Hommes, les animaux et l'environnement qu'une pomme de terre traditionnelle".
Le 16 juillet 2007, une porte-parole de la Commission, Barbara Helferich, a assuré aux journalistes à Bruxelles que la Commission était "à 120% sûre que ce produit était absolument fiable". Nous autoriserons la production de cette pomme de terre".
Greenpeace appelle "à une révision urgente du rôle d'EFSA dans l'autorisation des OGM", soutenant que le processus d'autorisation de l'organisme de sécurité alimentaire était imparfait et qu'elle ne tenait pas compte, dans ce cas précis, d'une directive de 2001
qui mandate l'interdiction progressive des gènes marqueurs de résistance aux antibiotiques d'ici 2004.
Les Amis de la Terre Europe se montrent sceptiques : "Le risque de contamination des récoltes futures n'est pas pris en considération. Etant donné qu'elles poussent sous la terre, il est presque impossible de récolter toutes les pommes de terre d'une moisson. Les pommes de terre repoussent donc l'année suivante et les futures récoltes pourraient être contaminées par des souches génétiquement modifiées".
La Commission n'a pas encore fourni un calendrier précis pour l'approbation de la pomme de terre.