Selon le rapport de l'INRA, les avantages sur les plans énergétique et économique des biocarburants de première génération ne sont pas clairs.
Bien que l'INRA soit convaincu que le bilan énergétique des biocarburants est positif (c'est-à-dire qu'il produit plus d'énergie qu'il n'en nécessite pour être produit), l'institut affirme que les économies de pétrole sont limitées proportionnellement à la consommation de pétrole en France. En résumé, il estime que la contribution des biocarburants de première génération à l'indépendance énergétique de la France ne peut qu'être "modeste" (entre 1,5 et 2 Mtep d'ici 2010 par rapport à une consommation de 92,8 Mtep en 2004).
De plus, l'INRA indique que les cultures énergétiques (notamment le colza, qui est la céréale la plus utilisée en France) ne peuvent pas seulement pousser sur des terres en jachère, ce qui pourrait les mettre en concurrence avec la production alimentaire. Pour atténuer ce risque, l'INRA affirme que l'UE doit augmenter ses subventions pour la production énergétique. Actuellement, les agriculteurs perçoivent en effet entre 200 et 300 euros par hectare de jachère convertie en cultures alimentaires (en comparaison aux 45 euros par hectare de terrain consacré aux cultures énergétiques).
La viabilité des biocarburants risque d'être une autre source de préoccupation si les prix du pétrole continuent d'augmenter. Malgré les incitations fiscales du gouvernement (par exemple, l'exemption de la taxe intérieure sur les produits pétroliers), le bilan coûts-avantages du secteur calculé pour 2010, avec un prix du pétrole estimé à environ 65 dollars/baril, serait proche de zéro, selon les calculs de l'INRA.
Dans ce contexte, les résultats ont tendance à être plus optimistes pour l'impact économique des biocarburants de deuxième génération.
