Expliquant le fonctionnement du Conseil européen de la recherche, le commissaire chargé de la science et de la recherche, Janez Potočnik, a déclaré : "Le Conseil scientifique du CER, et non la Commission européenne ou qui que ce soit d'autre, est responsable de la stratégie scientifique et de sa mise en oeuvre. Les opérations du CER seront autonomes par le biais d'une Agence exécutive".
La ministre fédérale de l’éducation et de la recherche, Dr. Annette Schavan, a déclaré : "Une science indépendante dans les choix des talents et des projets à soutenir. C’est là la condition de l’excellence scientifique, qui est le seul critère d’attribution des aides financières. Au sein de la compétition européenne, les meilleures idées l’emporteront. Voilà qui justifie la souveraineté de la science sur la politique". Elle a également ajoué que de son côté, la politique y gagnera en faisant confiance à la science. "Elle se libère d’attentes d’un autre ordre, qui nuisent au critère de l’excellence".
Janez Potočnik espère que sur le long terme, le CER contribuera à déterminer les tendances en matière de recherche, la production industrielle, voire les Prix Nobel. Il espère également que le CER aura "un effet boule de neige" : "La concurrence accrue permettra d'améliorer la qualité de la recherche. Une meilleure recherche stimulera les investissements privés dans la recherche. Plus d'investissement facilitera la mise en place de meilleures structures, qui attireront des chercheurs plus qualifiés et feront en sorte qu'ils ne partent pas."
Bien que le CER soit officiellement inauguré les 27 et 28 février 2007, le Conseil scientifique du CER s'est réuni régulièrement depuis octobre 2005. Le premier appel à propositions du CER a été publié le 7 février 2007 et, disposant de près de 300 millions d'euros, il devrait mettre l'accent sur le financement des propositions de bourse pour chercheurs indépendants débutants du CER (ECR starting independent grant proposals), qui soutiennent les chercheurs indépendants en train de mettre en place leur première équipe de chercheurs ou souhaitant se lancer dans une carrière indépendante.
