Cette décision a été prise lors de la "Conférence des présidents" du 14 décembre 2005, qui s'est tenue après une réunion commune des Commissions Libertés civiles, justice et affaires intérieures (LIBE) et Affaires étrangères (AFET) le 12 décembre pour débattre de la question et après un débat en session plénière le 14 décembre. La veille, le rapporteur du Conseil de l'Europe sur les vols supposés de la CIA, le suisse Dick Marty, avait présenté un rapport qualifiant ces allégations de "crédibles". Ce débat sera suivi d'une résolution qui doit être adoptée par le Parlement le 15 décembre.
S'exprimant lors du débat au Parlement, le vice-président de la Commission, Franco Frattini, a mis en garde contre la création d'une commission parlementaire. "Il n'existe aucune preuve confirmant les allégations qui ont été faites," a déclaré le commissaire. "Etablir la vérité signifie obtenir des preuves. Aucune accusation ne peut être considérée comme fondée sans preuve," a-t-il indiqué, ajoutant qu'en l'absence de preuve, il devait croire les démentis de certains gouvernements européens.
Le mandat de la commission fera l'objet de négociations qui doivent avoir lieu dans les semaines à venir. Il devrait être semblable à celui de la commission qui a enquêté sur le système d'interception mondial "ECHELON" dirigé par les Etats-Unis et un certain nombre d'Etats anglo-saxons en 2000 et 2001. Cette commission, qualifiée de 'temporaire' et non de commission d'enquête, avait des pouvoirs assez limités. Elle ne pouvait qu'inviter, et non convoquer, les témoins et pouvait "proposer, le cas échéant, des initiatives politiques et législatives". Le rapport qu'elle a présenté contenait certaines recommandations, qui ont confirmé que ce système d'interception existait et menaçait l'industrie européenne et le droit au respect de la vie privée, ce qui n'a toutefois pas empêché le Royaume-Uni d'y participer.
