La Commission tente de trouver un équilibre entre les besoins du transport et les aspects environnementaux [FR][en][de] 

• Découpler l'augmentation de la mobilité de ses effets négatifs : Tandis que le Livre blanc de 2001 établissait comme principal objectif de "découpler l'augmentation constante de la mobilité et la croissance économique", le nouveau document ne mentionne à aucun moment la nécessité de réduire la mobilité, mais davantage de découpler cette dernière de ses conséquences négatives.
• Le 'transfert modal' : La priorité du document initial était de renverser l'équilibre entre les modes de transport d'ici 2010, en diminuant la demande dans le secteur des transports routiers grâce à des mécanismes de tarification et en revitalisant les autres modes de transport comme les transports ferroviaire, maritime et fluvial. Bien que la Commission maintienne le 'transfert modal' comme une priorité, elle semble mettre davantage l'accent sur la 'co-modalité', ou l'utilisation optimale de tous les modes de transport. La co-modalité peut être obtenue en facilitant le passage d'un mode de transport à l'autre grâce à l'harmonisation des standards entre les transports routier, maritime, ferroviaire et fluvial et l'intégration de différents modes de transport dans des chaînes logistiques efficaces. Il s'agira de l'objectif d'un plan d'action sur la logistique que la Commission doit adopter en 2007.
• Efficacité énergétique : Le transport représente 71% de la consommation de pétrole et 26% des émissions de CO2. Afin de réduire la dépendance de l'Europe au pétrole et de rendre les transports plus durables, la Commission présentera un plan stratégique sur la consommation énergétique dans les transports en 2007 et lancera un programme sur 'les véhicules à propulsion écologique' en 2009.
• Systèmes de transport intelligents : l'utilisation de nouvelles technologies dans tous les modes de transport réduira les coûts, augmentera l'efficacité énergétique et renforcera la sécurité en proposant de nouveaux services aux citoyens, comme la gestion en temps réel des flux de trafic et le repérage des flux.
• Transport urbain : la mobilité dans les zones urbaines est un problème quotidien pour les citoyens européens. Afin d'aider les autorités locales à mieux traiter les problèmes de congestion, de pollution et d'accidents, la Commission lancera un Livre vert sur le transport urbain en 2007.
• Tarification intelligente : D'ici 2008, la Commission présentera une méthodologie servant de base à une tarification intelligente des infrastructures selon l'évaluation de tous les coûts externes ainsi qu'une analyse d'impact de l'internalisation des coûts externes pour tous les modes de transport.
  

L'Union internationale des transports routiers (IRU) a salué le fait que la Commission ne définisse plus le transfert modal comme obligatoire et reconnaisse le rôle économique important du transport routier. Cependant, elle regrette les sous-investissements dans de nouvelles infrastructures routières prévus par le programme des réseaux transeuropéens de transport (RTE) et craint que le système de "tarification intelligente" entraîne des coûts supplémentaires pour les entreprises de transport et les consommateurs. Elle souhaite par ailleurs que l'UE mette davantage l'accent sur le mode de transport le plus propre, le plus sûr et le plus commun : les autobus.

L'EIM (European Rail Infrastructure Managers), regroupement des gestionnaires d’infrastructures en vue du développement d’un espace ferroviaire européen, n'est pas favorable au passage du transfert modal à la co-modalité qui empêchera, selon l'association, l'adoption de nouveaux modes de transport plus écologiques comme le transport ferroviaire. Elle invite donc la Commission à faire progresser son programme de tarification intelligente. Elle soutient également l'intention de la Commission de faire appliquer la législation européenne sur la libéralisation du secteur ferroviaire grâce à des procédures d'infraction, ce qui, selon elle, aura des avantages conséquents pour les consommateurs.

La fédération européenne pour le transport et l'environnement a déclaré que la révision de la politique européenne des transports n'était pas tenable, ne fixait pas d'objectifs clairs de réduction des émissions polluantes et des nuisances sonores et ignorait complètement les objectifs en matière de santé et d'environnement fixés juste six jours plus tôt dans la stratégie européenne en faveur du développement durable (voir EurActiv, 19 juin 2006).