Tout comme les biocarburants, l'hydrogène a été identifié par la Commission comme l'un des principaux candidats pour remplacer le pétrole dans les transports et réduire la dépendance de l'Europe à l'égard de cette énergie.
Cependant, après l'enthousiasme de départ, certains ont rapidement souligné les "illusions" de l'économie de l'hydrogène :
- comme l'électricité, l'hydrogène est un vecteur d'énergie, et non une source d'énergie. En d'autres termes, le niveau de pollution de l'économie de l'hydrogène dépend de la source d'énergie primaire dont elle provient (charbon, nucléaire, gaz naturel ou énergies renouvelables);
- un système de transport reposant sur l'hydrogène nécessite un réseau de stations de ravitaillement qui sera très onéreux à mettre en place. Dans une étude publiée en décembre 2005, l'Agence internationale de l'énergie (AIE) a indiqué que des milliards de dollars seraient nécessaires pour développer l'infrastructure permettant d'utiliser l'hydrogène de façon généralisée (voir EurActiv, 02 décembre 2005);
- les batteries de piles à combustible qui convertissent l'hydrogène en électricité par une réaction chimique ont une efficacité et une capacité de stockage limitées, le procédé de conversion de l'hydrogène en électricité impliquant des pertes d'énergie, et;
- les batteries de piles à combustible sont encore très chères (environ 10 000 euros pour un véhicule de taille moyenne), en raison des matériaux utilisés dans leur fabrication, qui comprennent le platine et le Nafion, une membrane acide utilisée dans l'électrolyte des piles à combustible.
Les efforts de R&D aux niveaux public et privé ont donc comme principal objectif de réduire le coût des piles à combustible, d'augmenter leur capacité de stockage et de parvenir à construire de nouvelles infrastructures au coût le plus faible possible.
Au niveau européen, une plateforme technologie sur l'hydrogène et les piles à combustible (HFP) a été lancée en 2004 pour accélérer la recherche et le développement des technologies hydrogène. Menée par l'industrie, cette plateforme réunit des chercheurs des secteurs privé et public, les autorités publiques et la communauté financière.
En mars 2005, la plateforme a présenté un programme de recherche stratégique destiné à orienter la recherche et à encourager les investissements publics et privés dans des programmes de R&D spécifiques (voir EurActiv, 17 mars 2005). Ce programme a pour objectif de commercialiser les véhicules en 2015, mais beaucoup estiment qu'ils ne seront pas compétitifs avant 2020 au plus tôt.
Plusieurs projets pilotes financés par l'UE ont également été lancés pour démontrer la viabilité des piles à combustible dans les transports publics. Grâce au programme européen intitulé "Transports urbains propres pour l'Europe" (CUTE), 27 bus de transport en commun roulant à l'hydrogène ont circulé dans 9 villes européennes, d'Amsterdam à Barcelone. Le projet, dont les résultats ont été présentés en mai 2006 (voir EurActiv, 11 mai 2005), ont montré qu'il fallait encore faire des progrès dans les domaines suivants :
- Conception, construction et gestion des chaînes d'approvisionnement d'hydrogène et des stations de ravitaillement;
- Production et utilisation efficaces des tonnes d'hydrogène, et;
- Optimisation de l'infrastructure.



